Misją Stowarzyszenia Organizatorów Ośrodków Innowacji i Przedsiębiorczości w Polsce jest wspieranie procesu inkubacji przedsiębiorczości poprzez zaspokajanie potrzeb tych, którzy doradzają i pomagają przedsiębiorcom w rozpoczęciu działalności gospodarczej, rozwoju przedsiębiorstw i ich przetrwaniu na rynku.

Główne cele działania SOOiPP to doskonalenie kwalifikacji organizatorów i pracowników Ośrodków Innowacji i Przedsiębiorczości, popularyzacja wiedzy i osiągnięć naukowych oraz praktycznych w zakresie organizacji i działania Ośrodków Innowacji i Przedsiębiorczości, wspieranie i promocja sieci Ośrodków Innowacji i Przedsiębiorczości w Polsce.